| 排名 | 学校名称 | 学校英文名 | 国家/地区 |
| 1 | 哈佛大学 | Harvard University | 美国 |
| 2 | 华盛顿大学 | University of Washington | 美国 |
| 3 | 麻省理工学院 | Massachusetts Institute of Technology | 美国 |
| 4 | 牛津大学 | University of Oxford | 英国 |
| 5 | 洛克菲勒大学 | Rockefeller University | 美国 |
| 5 | 加州大学旧金山分校 | University of California, San Francisco | 美国 |
| 7 | 威斯康辛大学麦迪逊分校 | University of Wisconsin, Madison | 美国 |
| 8 | 杜克大学 | Duke University | 美国 |
| 9 | 圣路易斯华盛顿大学 | Washington University in St. Louis | 美国 |
| 10 | 约翰霍普金斯大学 | Johns Hopkins University | 美国 |
| 11 | 宾夕法尼亚大学 | University of Pennsylvania | 美国 |
| 12 | 帝国理工学院 | Imperial College London | 英国 |
| 12 | 斯坦福大学 | Stanford University | 美国 |
| 14 | 加州大学伯克利分校 | University of California, Berkeley | 美国 |
| 15 | 东京大学 | University of Tokyo | 日本 |
| 16 | 加州大学圣地亚哥分校 | University of California, San Diego | 美国 |
| 17 | 北卡罗来纳大学教堂山分校 | University of North Carolina, Chapel Hill | 美国 |
| 18 | 康奈尔大学 | Cornell University | 美国 |
| 19 | 西奈山伊坎医学院 | Icahn School of Medicine at Mount Sinai | 美国 |
| 20 | 剑桥大学 | University of Cambridge | 英国 |
| 21 | 耶鲁大学 | Yale University | 美国 |
| 22 | 艾茉莉大学 | Emory University | 美国 |
| 23 | 鹿特丹伊拉斯姆斯大学 | Erasmus University Rotterdam | 荷兰 |
| 23 | 爱丁堡大学 | University of Edinburgh | 英国 |
| 25 | 阿拉巴马大学伯明翰分校 | University of Alabama, Birmingham | 美国 |
| 25 | 格拉斯哥大学 | University of Glasgow | 英国 |
| 27 | 加州大学洛杉矶分校 | University of California, Los Angeles | 美国 |
| 28 | 麦吉尔大学 | McGill University | 加拿大 |
| 28 | 昆士兰大学 | University of Queensland Australia | 澳大利亚 |
| 30 | 哥伦比亚大学 | Columbia University | 美国 |
| 31 | 香港大学 | University of Hong Kong | 香港 |
| 32 | 纽约大学 | New York University | 美国 |
| 32 | 哥本哈根大学 | University of Copenhagen | 丹麦 |
| 32 | 密歇根大学安娜堡分校 | University of Michigan | 美国 |
| 35 | 马赛大学 | Aix-Marseille Université | 法国 |
| 35 | 卡罗琳医学院 | Karolinska Institute | 瑞典 |
| 35 | 宾州州立大学公园分校 | Pennsylvania State University | 美国 |
| 35 | 伦敦大学学院 | University College London | 英国 |
| 39 | 伦敦大学热带医学院 | London School of Hygiene & Tropical Medicine | 英国 |
| 39 | 加州大学戴维斯分校 | University of California, Davis | 美国 |
| 41 | 海德堡大学 | Heidelberg University | 德国 |
| 42 | 芝加哥大学 | University of Chicago | 美国 |
| 43 | 赫尔辛基大学 | University of Helsinki | 芬兰 |
| 43 | 匹兹堡大学 | University of Pittsburgh | 美国 |
| 45 | 苏黎世大学 | University of Zurich | 瑞士 |
| 46 | 墨尔本大学 | University of Melbourne | 澳大利亚 |
| 47 | 鲁汶大学（荷语） | KU Leuven | 比利时 |
| 47 | 大阪大学 | Osaka University | 日本 |
| 47 | 马里兰大学巴尔的摩分校 | University of Maryland, Baltimore | 美国 |
| 50 | 首尔国立大学 | Seoul National University | 韩国 |
| 51 | 根特大学 | Ghent University | 比利时 |
| 51 | 德克萨斯大学医科大学加尔维斯顿分校 | University of Texas Medical Branch, Galveston | 美国 |
| 51 | 多伦多大学 | University of Toronto | 加拿大 |
| 54 | 苏黎世联邦理工学院 | Swiss Federal Institute of Technology Zurich | 瑞士 |
| 54 | 范德堡大学 | Vanderbilt University | 美国 |
| 56 | 柏林自由大学 | Free University of Berlin | 德国 |
| 56 | 莱顿大学 | Leiden University | 荷兰 |
| 56 | 圣保罗大学 | Universidade de São Paulo | 巴西 |
| 56 | 慕尼黑大学 | University of Munich | 德国 |
| 56 | 乌得勒支大学 | Utrecht University | 荷兰 |
| 61 | 佐治亚大学 | University of Georgia | 美国 |
| 61 | 蒙彼利埃大学 | University of Montpellier | 法国 |
| 63 | 梅奥医学院 | Mayo Clinic | 美国 |
| 64 | 新加坡国立大学 | National University of Singapore | 新加坡 |
| 65 | 南加州大学 | University of Southern California | 美国 |
| 66 | 利物浦大学 | University of Liverpool | 英国 |
| 67 | 维尔茨堡大学 | University of Würzburg | 德国 |
| 68 | 俄亥俄州立大学 | Ohio State University | 美国 |
| 68 | 明尼苏达大学双城分校 | University of Minnesota, Twin Cities | 美国 |
| 68 | 瓦格宁根大学 | Wageningen University and Research Center | 荷兰 |
| 71 | 弗莱堡大学 | University of Freiburg | 德国 |
| 72 | 阿姆斯特丹大学 | University of Amsterdam | 荷兰 |
| 72 | 悉尼大学 | University of Sydney | 澳大利亚 |
| 74 | 巴黎第十一大学 | Université Paris-Sud | 法国 |
| 75 | 贝勒医学院 | Baylor College of Medicine | 美国 |
| 75 | 巴黎第五大学 | Université Paris Descartes - Paris V | 法国 |
| 75 | 佛罗里达大学 | University of Florida | 美国 |
| 75 | 洛桑大学 | University of Lausanne | 瑞士 |
| 75 | 叶史瓦大学 | Yeshiva University | 美国 |
| 80 | 汉诺威医学院 | Hannover Medical School | 德国 |
| 80 | 玛希隆大学 | Mahidol University | 泰国 |
| 80 | 加州大学尔湾分校 | University of California, Irvine | 美国 |
| 83 | 巴黎第六大学 | Pierre and Marie Curie University - Paris 6 | 法国 |
| 83 | 英属哥伦比亚大学 | University of British Columbia | 加拿大 |
| 85 | 罗格斯大学 | Rutgers State University | 美国 |
| 85 | 巴塞尔大学 | University of Basel | 瑞士 |
| 87 | 京都大学 | Kyoto University | 日本 |
| 87 | 莫纳什大学 | Monash University | 澳大利亚 |
| 89 | 普林斯顿大学 | Princeton University | 美国 |
| 90 | 西北大学 | Northwestern University | 美国 |
| 91 | 斯特拉斯堡大学 | Université de Strasbourg | 法国 |
| 92 | 伯明翰大学 | University of Birmingham | 英国 |
| 93 | 奈梅亨大学 | Radboud University Nijmegen | 荷兰 |
| 93 | 乌普萨拉大学 | Uppsala University | 瑞典 |
| 95 | 凯斯西储大学 | Case Western Reserve University | 美国 |
| 95 | 北海道大学 | Hokkaido University | 日本 |
| 95 | 新南威尔士大学 | University of New South Wales | 澳大利亚 |
| 98 | 日内瓦大学 | University of Geneva | 瑞士 |
| 99 | 开普敦大学 | University of Cape Town | 南非 |
| 100 | 肯塔基大学 | University of Kentucky | 美国 |
*(1)
参考资料：
(1) Best Global Universities for Microbiology USNEWS